Section author: Vedran Miletić

Vizualizacija molekula u alatu PyMOL

U PyMOL-u možemo pod File\Open... otvarati kemijske spojeve u brojnim formatima uključujući SDF te proteine u brojnim formatima uključujući PDB.

Osim toga možemo pod File\Get PDB... dohvatiti strukturu proteina izravno s RCSB PDB-a.

Značajke

Nakon otvaranja proteina nude nam se akcije (Action, slovo A pored naziva proteina):

  • preset nam omogućuje postavljanje atraktivne vizualizacije u jednom koraku, često se koriste pretty i publication

  • align pa to molecule nam omogućuje poravnavanje dva proteina

  • generate pa vacuum electrostatics stvara prikaz pozitivno i negativno nabijenih dijelova proteina koji nam je koristan kod vizualne analize površine

  • compute računa svojstva kao što su broj atoma, naboji, površina i težina

Pod prikazom (Show, slovo S pored naziva proteina):

  • as nudi prikaz proteina na različite načine, često su korišteni ribbon, cartoon i surface

Pod skrivanjem (Hide, slovo H pored naziva proteina) imamo suprotne akcije od Show.

Pod nazivima (Label, slovo L pored naziva proteina) možemo uključiti prikaz naziva atoma, reziduma i dr.

Pod bojanjem (Color, slovo C pored naziva proteina) možemo detaljno konfigurirati način bojanja ako nam trenutno ne odgovara.

Prikaz sekvence proteina uključujemo klikom na slovo S u donjem desnom dijelu ekrana. Slovo F prebacuje nas u prikaz preko čitavog ekrana.

Spremanje

PyMOL-ovu sesiju je moguće spremiti korištenjem opcije File\Save Session, odnosno File\Save Session As.... Otvaranje se zatim izvodi kao otvaranje bilo kojeg drugog podržanog formata.

Izvoz

Korištenjem Draw/Ray moguće je izvesti prikaz iz PyMOL-a u sliku u formatu PNG proizvoljno visoke rezolucije. Raytracing daje bolju kvalitetu prikaza.

Izgradnja spojeva i proteina

Osim otvaranja možemo kemijske spojeve i proteine samostalno izgraditi alatom Builder. Početak spoja mora biti nekakav fragment u kojem se nalazi ugljik i tada nam se nudi opcija Create As New Object. Odabirom odgovarajućih fragmenata i mjesta gdje ih želimo postaviti možemo izgraditi po želji veliku molekulu.