Section author: Vedran Miletić

Pretvorba formata alatom Open Babel

Često nam u praksi trebaju različiti formati zapisa istih molekula za korištenje u različitim softverima za računalnu kemiju. Open Babel nam omogućuje pretvorbu između različitih formata.

Na lijevoj strani biramo ulazni format i ulaznu datoteku ili klikom na Input below izravni unos zapisa molekule.

Na desnoj strani biramo izlazni format i izlaznu datoteku ili klikom na Output below izravni ispis zapisa molekule.

Ilustracije radi, možemo pretvoriti smi -- SMILES format neke molekule sa ChEMBL-a ili Wikipedije u sdf -- MDL MOL format. Ukoliko u ulazu unesemo više molekula, dobit ćemo isto to u izlazu, jer format SDF podržava više molekula i odvaja ih znakovima $$$$.

Opcije

Bez uključivanja dodatnih opcija dobit ćemo molekulu bez vodika tamo gdje bi trebali biti. Vodike možemo dobiti uključivanjem opcije Add hydrogens.

Također molekula neće imati koordinate, odnosno imat će sve tri koordinate svih atoma jednake 0.00. Uključimo li u opcijama Generate 2D coordinates, dobit ćemo približne koordinate molekule u 2D-u.

Opcijom Generate 3D coordinates dobit ćemo koordinate u tri dimenzije. Takvu molekulu sad možemo koristiti za molekularni docking ili kvantnu kemiju.