Section author: Irena Hartmann, Vedran Miletić

Vizualizacija i uređivanje molekula alatom Avogadro

Avogadro je je napredni vizualizator i editor molekula, dizajniran za korištenje na više platformi u računalnoj kemiji, modeliranju molekula, bioinformatici, znanosti materijala i srodnim područjima.

Projekt je nastao 2006. kao odgovor na potrebe i nedostatke koji su bili primjećivani u ranije postojećim rješenjima komercijalnog softvera i programa otvorenog koda. Avogadro je danas robusno, fleksibilno rješenje koje povezuje i koristi snagu Visualization Toolkit (VTK), program otvorenog koda za 3D grafiku, procesiranje slika i vizualizaciju) uz dodatne mogućnosti analize i vizualizacije.

Avogadro projekt je u završim fazama ponovnog pisanja središnjih struktura podataka, algoritama i sposobnosti vizualizacije kojeg su autori nazvali Avogadro 2, iako se na službenim stranicama Avogadra još uvijek preporuča stara verzija.

Avogadro 2 nije samo nova verzija Avogadra – umjesto ažuriranja i nadogradnje ranijih verzija, cijeli kod je nanovo napisan zbog problema u radu Avogadra sa većim skupovima podataka, nesavršenog sučelja i želje da se proširi područje primjene originalno namijenjeno korisnicima Avogadra. Također, jedna od bitnih promjena u odnosu na originalni Avogadro je primjena modularnosti u dizajnu koja dopušta veće korištenje komponenti, kao i manji broj međuovisnosti na druge alate. Autori ističu kako Avogadro 2 još uvijek nema sve funkcionalnosti Avogadra, stoga je moguće imati i koristiti oba na istom sistemu.