Section author: Irena Hartmann, Vedran Miletić

Vizualizacija i uređivanje molekula alatom Avogadro

Avogadro je je napredni vizualizator i editor molekula, dizajniran za korištenje na više platformi u računalnoj kemiji, modeliranju molekula, bioinformatici, znanosti materijala i srodnim područjima.

Projekt je nastao 2006. kao odgovor na potrebe i nedostatke koji su bili primjećivani u ranije postojećim rješenjima komercijalnog softvera i programa otvorenog koda.

Osnovno korištenje

Avogadro koristi koordinatni sustav koji vidimo u donjem lijevom kutu.

Alatom Draw Tool u traci s alatima možemo crtati molekule. Kako bismo odabrali atome koje želimo i automatsko dodavanje vodika, možemo otvoriti Postavke alata.

U Postavkama prikaza možemo odabrati različite reprezentacije molekula, od kojih su nam korisne Ball and Stick, Stick, Van der Waals Spheres te Force koja prikazuje silnice na pojedinim atomima.

Alatom Manipulation Tool možemo pomicati pojedine atome. Postoji i varijanta Bond Centric Manipulation Tool.

Uključimo li Auto Optimization Tool, sve molekule će prijeći u stanje minimalne energije. Kasnijim potezanjem pojedinih atoma možemo steći uvid u karakteristike molekule.

Planarne molekule

Baze kemijskih spojeva kao što je ChEMBL uglavnom imaju spojeve u 2D-u s nerealno kratkim kemijskim vezama. Kod otvaranja takvih spojeva Avogadro će ponuditi pretvorbu koordinata u 3D.

Avogadro 2

Avogadro je danas robusno, fleksibilno rješenje koje povezuje i koristi snagu Visualization Toolkit (VTK), program otvorenog koda za 3D grafiku, procesiranje slika i vizualizaciju) uz dodatne mogućnosti analize i vizualizacije.

Avogadro projekt je u završim fazama ponovnog pisanja središnjih struktura podataka, algoritama i sposobnosti vizualizacije kojeg su autori nazvali Avogadro 2, iako se na službenim stranicama Avogadra još uvijek preporuča stara verzija.

Avogadro 2 nije samo nova verzija Avogadra – umjesto ažuriranja i nadogradnje ranijih verzija, cijeli kod je nanovo napisan zbog problema u radu Avogadra sa većim skupovima podataka, nesavršenog sučelja i želje da se proširi područje primjene originalno namijenjeno korisnicima Avogadra. Također, jedna od bitnih promjena u odnosu na originalni Avogadro je primjena modularnosti u dizajnu koja dopušta veće korištenje komponenti, kao i manji broj međuovisnosti na druge alate. Autori ističu kako Avogadro 2 još uvijek nema sve funkcionalnosti Avogadra, stoga je moguće imati i koristiti oba na istom sistemu.