Informatika (BioTech)

Important

Za uvodne informacije o kolegiju proučite izvedbeni plan.

Predavanja

• Povijesni pregled razvoja računala i temelji računarske znanosti
  • Računarstvo i računarska znanost
  • Informatika
  • Sklopovska oprema (hardver)
  • Programska oprema (softver)
• Sveprisutna i prožimajuća računala
  • Računala nisu samo osobna računala
• Povijesni pregled razvoja Unixa u AT&T-u i drugim tvrtkama
  • Počeci Unixa
  • Grananje razvoja
  • Ostali komercijalni Unixi
• Povijesni pregled razvoja Unixa na Kalifornijskom sveučilištu u Berkeleyu
• Razvoj slobodnog operacijskog sustava sličnom Unixu
  • Slobodni softver
  • Projekt GNU
  • Licenca GPL
  • Jezgra operacijskog sustava Linux
  • Linux distribucije danas
  • X Window System
  • Paketi i upravitelj paketa
  • GNOME i KDE
  • Red Hat
• Softver otvorenog koda
  • Otvaranje velikih projekata
  • Kompanije i otvoreni kod
  • Netscape i Mozilla
  • StarOffice
  • Projekt OpenOffice.org
• Znanstveni softver
• Osnovni pojmovi paralelnog, distribuiranog i heterogenog računarstva
  • Paralelna obrada
  • Primjene paralelne obrade
  • Razvoj raralelnih računala
  • Distribuirano računarstvo
  • Heterogeno računarstvo
• Superračunala
  • Resursi umreženih računala
  • Pojam superračunala
• Intelektualno vlasništvo nad softverom, podacima i znanstvenim radovima
  • Pojam intelektualnog vlasništva
  • Intelektualno vlasništvo nad softverom
  • Autorsko pravo nad podacima
  • Autorsko pravo nad znanstvenim radovima
• Kemoinformatika i računalna kemija
• Bioinformatika

Vježbe

Rad sa osnovnim funkcijama i postavljanje operacijskog sustava

• Uvod u komandnolinijsko sučelje
  • Naredbe echo i man
  • Naredbe cal i date
  • Naredbe ls i cat
• Stablo direktorija
  • Uloga pojedinih direktorija u sustavu
  • Rad s direktorijima, naredbe pwd i cd
  • Naredbe mkdir i rmdir
  • Apsolutno i relativno referenciranje
  • Rekurzivnost u radu s direktorijima i datotekama
• Baratanje datotekama u datotečnom sustavu
  • Stvaranje, kopiranje, brisanje i preimenovanje datoteka
  • Glob uzorci
  • Pretraživanje datotečnog sustava
• Instalacija operacijskih sustava Fedora i CentOS korištenjem instalacijskog alata Anaconda
  • Fedora, Red Hat Enterprise Linux i CentOS
  • Instalacije Fedore korištenjem Anaconde
  • Živa instalacija (Fedora Workstation)
  • Uobičajena instalacija (Fedora Server)
• Instalacija operacijskog sustava Debian korištenjem instalacijskog alata Debian-Installer

Osnove programiranja

• Osnovna sintaksa programskog jezika Python
  • Rad s Python interpreterom
  • Rad s ljuskom IPython
  • Podrška za Python u uređivaču teksta Emacs
  • Objektni pristup programiranju
  • Naredbe if, else, for, while
  • Rad sa znakovnim nizovima
  • Rad s listama
• Python: ulaz i izlaz
  • Rad s korisničkim unosom
  • Rad s tekstualnim datotekama
• Rad s Python modulom numpy
  • Rad s poljima
  • Operacije na poljima
  • Pretvorba tipa
  • Čitanje polja iz datoteka
  • Posebne funkcije za generiranje polja
  • Indeksiranje, cijepanje i iteriranje polja
  • Manipulacija oblicima polja
  • Kopije objekata
  • Polinomski fit
• Rad s Python modulom matplotlib i sučeljem pyplot

Programska podrška i baze podataka u bioinformatici i kemoinformatici

• Vizualizacija i uređivanje molekula alatom Avogadro