Detaljni izvedbeni nastavni plan za kolegij: INFORMATIKA

Akademska godina: 2019/2020

Studij: Preddiplomski studij Biotehnologija i istraživanje lijekova

Kod kolegija: BIL103

ECTS bodovi: 3

Jezik na kojem se izvodi kolegij: Hrvatski

Nastavno opterećenje kolegija: 30 sati (10P + 20V)

Preduvjeti za upis kolegija: Nema

Nositelj kolegija i kontakt podaci:

Titula i ime: Doc. dr. sc. Sanja Čandrlić

Adresa: Ulica Radmile Matejčić 2, soba O-515

Telefon: 051/584-706

E-mail: sanjac@inf.uniri.hr

Web stranica: https://portal.uniri.hr/Portfelj/Index/487

Vrijeme konzultacija: po dogovoru e-mailom

Izvođači i nastavna opterećenja (suradnici, asistenti, tehničar/laborant):

Titula i ime: V. pred. dr. sc. Vedran Miletić (10P+20V)

Adresa: Ulica Radmile Matejčić 2, soba O-520

Telefon: 051/584-717

E-mail: vmiletic@inf.uniri.hr

Web stranica: https://vedran.miletic.net/

Obavezna literatura:

  1. Špoljarić, Pavle. Programski alati na Unix računalima (zbornik seminarskih radova), Sveučilište u Splitu, Zagreb, 2006.

  2. Sadržaji pripremljeni za učenje putem sustava za učenje uz vlastite bilješke i materijale s predavanja i vježbi.

  3. Originalni priručnici proizvođača i vodiči za operacijske sustave i programske pakete koji se koriste na vježbama.

Preporučena dodatna literatura (izborna):

  1. Sterling, T., Anderson, M. & Brodowicz, M. High performance computing: modern systems and practices. (Morgan Kaufmann, an imprint of Elsevier, 2018).

  2. Eijkhout, V., Chow, E. & van de Geijn, R. Introduction to High Performance Scientific Computing. (Lulu, 2015).

  3. Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, 2nd Edition. (Wiley, 2004).

  4. Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry, 3rd Edition. (Wiley, 2017).

  5. Doleželová, M., Muehlfeld, M., Svistunov, M., Wadeley, S., Čapek, T., Hradílek, J., Silas, D., Heves, J., Kovář, P., Ondrejka, P., Bokoč, P., Prpič, M., Slobodová, E., Kopalová, E., Svoboda, M., O’Brien, D., Hideo, M., Domingo, D. & Ha, J. System administrator’s guide. (Red Hat, 2018).

Opis predmeta (sažetak i ciljevi kolegija):

Kolegij je namijenjen pripremi studenata biotehnologije za obrade podataka iz tog područja. Kao takav, sadržaj kolegija je usmjeren na:

  • utvrđivanje, ujednačavanje i nadograđivanje temeljnih informatičkih znanja koje su studenti stekli tijekom srednjoškolskog obrazovanja bez obzira na vrstu obrazovnog profila s ciljem ujednačavanja informatičkog znanja

  • usvajanje znanja o temeljnim pojmovima suvremene informacijske tehnologije: principima rada računalnog sustava (sklopovske i programske podrške), računalnih mreža i baza podataka, superračunala i paralelne obrade podataka te licenciranja

  • upoznavanje sa naprednim računalnim sustavima za kemoinformatiku i bioinformatiku koji se koriste u biotehnologiji

Ishodi učenja:

Po završetku kolegija studenti će moći:

  1. Razlikovati i objasniti temeljne pojmove informacijske i računalne tehnologije

  2. Definirati i razlikovati elemente umreženog računalnog sustava (sklopovlja i programske podrške)

  3. Objasniti način rada paralelne obrade podataka na superračunalu

  4. Kategorizirati često korištene licence softvera, skupova podataka i znanstvenih radova

  5. Pretražiti baze podataka koje se koriste u kemoinformatici i bioinformatici

  6. Primijeniti osnovne funkcije operacijskog sustava

  7. Razlikovati numeričko i simboličko računanje te odabrati prikladno za dani problem

Detaljni sadržaj kolegija (teme/naslovi predavanja, seminara i vježbi):

Predavanja:

P1. Razvoj računala i interneta
P2. Superračunala i znanstveni softver
P4. Kemoinformatika i Bioinformatika
P5. Intelektualno vlasništvo nad softverom, podacima i znanstvenim radovima

Vježbe:

V1. Baze podataka i postojeća programska podrška u kemoinformatici i bioinformatici (KEGG, ChEMBL, RCSB PDB, UniProt, GPCRdb, Avogadro, Open Babel, PyMOL, UGENE)
V2. Obrada dokumenata koji sadrže kemijske molekularne formule i jednadžbe (LaTeX, Beamer, mhchem). Osnove programiranja za kemoinformatiku i bioinformatiku (Python). Crtanje molekula (RDKit)
V3. Numeričko računanje (NumPy). Crtanje grafova (Matplotlib). Obrada strukturiranih podataka (pandas)
V4. Simboličko računanje (SymPy). Rad s osnovnim funkcijama i postavljanje operacijskog sustava (Ubuntu, Fedora, Anaconda)
V5. Kolokvij

Obveze, način praćenja i vrednovanje studenata:

Pohađanje nastave:

Pohađanje nastave je obavezno i nastavnici vode evidenciju pohađanja za svakoga studenta. Prisustvovanje i aktivno sudjelovanje na satu nose do maksimalno 10 ocjenskih bodova.

Predavanja se izvode u bloku od 2 sata prema rasporedu.

Vježbe se izvode na računalima u bloku od 4 sata prema rasporedu. Na vježbama studenti trebaju utvrditi osnove informatičke pismenosti, te korištenje računarskih sustava koja se koriste u biotehnologiji.

Osim prisustvovanja klasičnoj nastavi na predavanjima i vježbama studenti su dužni koristiti e-sustav za učenje Merlin: https://moodle.srce.hr/

Seminar:

Seminarski rad podrazumijeva izradu prezentacije u Beameru samostalno ili u paru na odabranu kemoinformatičku ili bioinformatičku temu o kojoj će se sadržaji prikupiti pretraživanjem weba i izraditi korištenjem programa obrađenih na vježbama. Bodovat će se kvaliteta, sadržaj i aktualnost obrađene teme. Ova aktivnost nosi do maksimalno 20 ocjenskih bodova.

Provjera znanja (kolokvij):

Provjera znanja (kolokvij) uključuje praktične zadatke s vježbi i nosi do maksimalno 40 ocjenskih bodova.

Ispit:

Ispit je usmeni, te uključuje prezentaciju seminarskog rada, te teorijska pitanja s predavanja i praktična s vježbi. Ispit nosi udio od maksimalno 30 ocjenskih bodova, a smatra se položenim samo ako na njemu student postigne minimalno 50%-ni uspjeh (ispitni prag je 50% uspješno riješenih zadataka).

Na prethodno opisani način (pohađanje nastave, seminar, kolokvij, ispit) studenti mogu skupiti 100 ocjenskih bodova.

Ispitni rokovi:

  1. Ispitni rok će se održati 7.7.2019. u prostoriji O-359 s početkom u 10:00.

  2. Ispitni rok će se održati 21.7.2019. u prostoriji O-359 s početkom u 10:00.

  3. Ispitni rok će se održati 1.9.2019. u prostoriji O-359 s početkom u 10:00.

Formiranje ocjene (prema Pravilniku o studijima Sveučilišta u Rijeci):

Studenti tijekom kontinuirane nastave mogu steći maksimalno 70% ocjenskih bodova, a na završnom ispitu 30%. Studenti koji su tijekom kontinuiranog dijela nastave ostvarili:

  • od 0 do 34,9% ocjenskih bodova ne mogu pristupiti završnom ispitu

  • više od 35% ocjenskih bodova mogu pristupiti završnom ispitu.

Prema postignutom ukupnom broju ocjenskih bodova dodjeljuju se sljedeće konačne ocjene:

Postotak usvojenog znanja i vještina

ECTS ocjena

Brojčana ocjena

90% do 100%

A

Izvrstan (5)

75% do 89,9%

B

Vrlo dobar (4)

60% do 74,9%

C

Dobar (3)

50% do 59,9%

D

Dovoljan (2)

0% do 49,9%

F

Nedovoljan (1)

Raspored nastave:

Datum

Grupa

Vrijeme

Mjesto

Oblik nastave

Izvođač

23.6.2019.

svi

10:00–11:30

O-S32

P1

V. M.

23.6.2019.

svi

11:45–13:15

O-S32

P2

V. M.

23.6.2019.

svi

15:00–16:30

Muzej PEEK&POKE

P3

V. M.

24.6.2019.

svi

10:00–11:30

O-S32

P4

V. M.

24.6.2019.

svi

11:45–13:15

O-S32

P5

V. M.

29.6.2019.

1

8:30–12:00

O-359

V1

V. M.

29.6.2019.

2

13:30–17:00

O-359

V1

V. M.

30.6.2019.

1

8:30–12:00

O-359

V2

V. M.

30.6.2019.

2

13:30–17:00

O-359

V2

V. M.

1.7.2019.

1

8:30–12:00

O-359

V3

V. M.

1.7.2019.

2

13:30–17:00

O-359

V3

V. M.

2.7.2019.

1

8:30–12:00

O-359

V4

V. M.

2.7.2019.

2

13:30–17:00

O-359

V4

V. M.

3.7.2019.

svi

8:30–12:00

O-359

V5

V. M.

Dodatne informacije:

Izvođač nastave zadržava pravo izmjene rasporeda.

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe:

Kroz ustrojeni sustav osiguranja kvalitete Odjela za biotehnologiju.

Akademska čestitost:

Studenti su dužni poštovati načela akademske čestitosti te se upućuju na dokumente Sveučilišta u Rijeci: Etički kodeks Sveučilišta u Rijeci te Etički kodeks za studente.