Detaljni izvedbeni nastavni plan za kolegij: INFORMATIKA

Akademska godina: 2018/2019

Studij: Preddiplomski studij Biotehnologija i istraživanje lijekova

Kod kolegija: BIL103

ECTS bodovi: 3

Jezik na kojem se izvodi kolegij: Hrvatski

Nastavno opterećenje kolegija: 30 sati (10P + 20V)

Preduvjeti za upis kolegija: Nema

Nositelj kolegija i kontakt podaci:

Titula i ime: doc. dr. sc. Sanja Čandrlić

Adresa: Ulica Radmile Matejčić 2, soba O-515

Telefon: 051/584-706

E-mail: sanjac@inf.uniri.hr

Web stranica: https://portal.uniri.hr/Portfelj/Index/487

Vrijeme konzultacija:

Po dogovoru e-mailom.

Izvođači i nastavna opterećenja (suradnici, asistenti, tehničar/laborant):

Titula i ime: v. pred. dr. sc. Vedran Miletić (10P + 20V)

Adresa: Ulica Radmile Matejčić 2, soba O-520

Telefon: 051/584-717

E-mail: vmiletic@inf.uniri.hr

Web stranica: https://vedran.miletic.net/

Obavezna literatura:

  1. Grundler, Darko. Primijenjeno računalstvo (Sveučilišni udžbenik), Graphis, Zagreb, 2000.

  2. Sadržaji pripremljeni za učenje putem sustava za učenje uz vlastite bilješke i materijale s predavanja i vježbi.

Preporučena dodatna literatura (izborna):

  1. Grundler, Gvozdanović, Ikica, Kos, Lipljin, Milijaš, Srnec, Zvonarek: ECDL, Europska računalna diploma, PRO-MIL, Varaždin, 2005.

  2. Originalni priručnici proizvođača i vodiči za operacijske sustave i programske pakete koji se koriste na vježbama.

Opis predmeta (sažetak i ciljevi kolegija):

Kolegij je namijenjen pripremi studenata biotehnologije za obrade podataka iz tog područja. Kao takav, sadržaj kolegija je usmjeren na:

  • utvrđivanje, ujednačavanje i nadograđivanje temeljnih informatičkih znanja koje su studenti stekli tijekom srednjoškolskog obrazovanja bez obzira na vrstu obrazovnog profila s ciljem ujednačavanja informatičkog znanja

  • usvajanje znanja o temeljnim pojmovima suvremene informacijske tehnologije, principima rada računalnog sustava (sklopovske i programske podrške), računalnih mreža i baza podataka, paralelne obrade podataka, te distribuiranih i heterogenih sustava

  • upoznavanje sa naprednim računalnim sustavima koja se koriste u biotehnologiji

Ishodi učenja:

Po završetku kolegija studenti će moći:

  1. Razlikovati i objasniti temeljne pojmove informacijske i računalne tehnologije

  2. Definirati i razlikovati elemente računalnog sustava (sklopovlja i programske podrške)

  3. Interpretirati princip i način rada računalnog sustava

  4. Objasniti princip rada te primijeniti operacijske sustave

  5. Objasniti načine povezivanja računala u računalne mreže (internet)

  6. Primijeniti osnovne internet i mrežne servise

  7. Objasniti način rada paralelne obrade podataka

  8. Objasniti način rada distribuiranih i heterogenih računalnih sustava

Detaljni sadržaj kolegija (teme/naslovi predavanja, seminara i vježbi):

Predavanja:

P1. Razvoj računala i interneta
P2. Superračunala i znanstveni softver
P3. Intelektualno vlasništvo nad softverom, podacima i znanstvenim radovima
P4. Kemoinformatika i bioinformatika

Vježbe:

V1. Rad sa osnovnim funkcijama i postavljanje operacijskog sustava (Ubuntu, Fedora, Anaconda)
V2. Osnove programiranja za kemoinformatiku i bioinformatiku (Python, NumPy, Matplotlib, pandas)
V3. Simboličko računanje (SymPy). Crtanje molekula (RDKit). Obrada dokumenata koji sadrže kemijske molekularne formule i jednadžbe (LaTeX, Beamer, mhchem)
V4. Baze podataka i postojeća programska podrška u kemoinformatici i bioinformatici (KEGG, ChEMBL, RCSB PDB, UniProt, GPCRdb, Avogadro, Open Babel, PyMOL, UGENE)
V5. Kolokvij

Obveze, način praćenja i vrednovanje studenata:

Pohađanje nastave:

Pohađanje nastave je obavezno i nastavnici vode evidenciju pohađanja za svakoga studenta. Prisustvovanje i aktivno sudjelovanje na satu nose do 10 ocjenskih bodova.

Predavanja se izvode u bloku od 2 sata prema rasporedu.

Vježbe se izvode na računalima u bloku od 4 sata prema rasporedu. Na vježbama studenti trebaju utvrditi osnove informatičke pismenosti, te korištenje računarskih sustava koja se koriste u biotehnologiji.

Osim prisustvovanja klasičnoj nastavi na predavanjima i vježbama studenti su dužni koristiti e-sustav za učenje Merlin (https://moodle.srce.hr/2018-2019/).

Seminar:

Seminarski rad podrazumijeva samostalnu izradu PowerPoint prezentacije na odabranu informatičku ili bioinformatičku temu o kojoj će se sadržaji prikupiti pretraživanjem weba. Bodovati će se kvaliteta, sadržaj i aktualnost obrađene teme (do maksimalnih 20 bodova).

Provjera znanja (kolokvij):

Kontrolna zadaća (kolokvij) uključivati će praktične zadatke s vježbi, student će moći skupiti maksimalnih 40 bodova.

Ispit:

Ispit je usmeni, te uključuje prezentaciju seminarskog rada, te teorijska pitanja s predavanja i praktična s vježbi. Ispit nosi udio od maksimalno 30 ocjenskih bodova, a smatra se položenim samo ako na njemu student postigne minimalno 50%-ni uspjeh (ispitni prag je 50% uspješno riješenih zadataka).

Na prethodno opisani način (pohađanje nastave, seminar, kolokvij, ispit) studenti mogu skupiti 100 ocjenskih bodova.

Ispitni rokovi:

1. ispitni rok će se održati 10. 7. 2019. u prostoriji O-366 s početkom u 12:00.
2. ispitni rok će se održati 17. 7. 2019. u prostoriji O-366 s početkom u 10:00.
3. ispitni rok će se održati 4. 9. 2019. u prostoriji O-359 s početkom u 09:00.
4. ispitni rok će se održati 6. 9. 2019. u prostoriji O-359 s početkom u 09:00.

Formiranje ocjene (prema Pravilniku o studijima Sveučilišta u Rijeci):

Studenti tijekom kontinuirane nastave mogu steći maksimalno 70% ocjenskih bodova, a na završnom ispitu 30%. Studenti koji su tijekom kontinuiranog dijela nastave ostvarili:

  • od 0 do 34,9% ocjenskih bodova ne mogu pristupiti završnom ispitu

  • više od 35% ocjenskih bodova mogu pristupiti završnom ispitu.

Prema postignutom ukupnom broju ocjenskih bodova dodjeljuju se sljedeće konačne ocjene:

Postotak usvojenog znanja i vještina

ECTS ocjena

Brojčana ocjena

90% do 100%

A

Izvrstan (5)

75% do 89,9%

B

Vrlo dobar (4)

60% do 74,9%

C

Dobar (3)

50% do 59,9%

D

Dovoljan (2)

0% do 49,9%

F

Nedovoljan (1)

Raspored nastave:

Datum

Grupa

Vrijeme

Mjesto

Oblik nastave

Izvođač

1. 7. 2019.

svi

10:00–11:30

O-S32

P1

V. M.

1. 7. 2019.

svi

11:45–13:15

O-S32

P2

V. M.

2. 7. 2019.

svi

10:00–11:30

O-S32

P3

V. M.

2. 7. 2019.

svi

11:45–13:15

O-S32

P4

V. M.

3. 7. 2019.

svi

10:00–11:30

Muzej PEEK&POKE

P5

V. M.

4. 7. 2019.

svi

8:30–12:00

O-366

V1

V. M.

5. 7. 2019.

svi

8:30–12:00

O-366

V2

V. M.

8. 7. 2019.

svi

10:00–13:30

O-366

V3

V. M.

9. 7. 2019.

svi

10:00–13:30

O-366

V4

V. M.

10. 7. 2019.

svi

8:00–11:30

O-366

V5

V. M.

Dodatne informacije:

Izvođač nastave zadržava pravo izmjene rasporeda.

Način praćenja kvalitete i uspješnosti izvedbe:

Kroz ustrojeni sustav osiguranja kvalitete Odjela za biotehnologiju.

Akademska čestitost:

Studenti su dužni poštovati načela akademske čestitosti te se upućuju na dokumente Sveučilišta u Rijeci: Etički kodeks Sveučilišta u Rijeci te Etički kodeks za studente.