.. _izvedbeni-2020-2021-inf-biotech: Detaljni izvedbeni nastavni plan za kolegij: INFORMATIKA ======================================================== **Akademska godina:** 2020/2021 **Studij:** Preddiplomski studij Biotehnologija i istraživanje lijekova **Kod kolegija:** BIL103 **ECTS bodovi:** 3 **Jezik na kojem se izvodi kolegij:** Hrvatski **Nastavno opterećenje kolegija:** 30 sati (10P + 20V) (*online:* 10P; 10/30 = 33%) **Preduvjeti za upis kolegija:** Nema Nositelj kolegija i kontakt podaci: ----------------------------------- .. _izvedbeni-2020-2021-inf-biotech-vm: .. |vm| replace:: :ref:`V. M. ` **Titula i ime:** v. pred. dr. sc. Vedran Miletić **Adresa:** `Ulica Radmile Matejčić 2 `__, soba O-520 **Telefon:** 051/584-717 **E-mail:** vmiletic@inf.uniri.hr **Web stranica:** https://vedran.miletic.net/ Vrijeme konzultacija: --------------------- Po dogovoru e-mailom. Izvođači i nastavna opterećenja (suradnici, asistenti, tehničar/laborant): -------------------------------------------------------------------------- v\ . pred. dr. sc. Vedran Miletić (10P + 20V x 2 grupe) Obavezna literatura: -------------------- #. Špoljarić, Pavle. Programski alati na Unix računalima (zbornik seminarskih radova), Sveučilište u Splitu, Zagreb, 2006. #. Sadržaji pripremljeni za učenje putem sustava za učenje uz vlastite bilješke i materijale s predavanja i vježbi. Preporučena dodatna literatura (izborna): ----------------------------------------- #. Sterling, T., Anderson, M. & Brodowicz, M. High performance computing: modern systems and practices. (Morgan Kaufmann, an imprint of Elsevier, 2018). #. Eijkhout, V., Chow, E. & van de Geijn, R. Introduction to High Performance Scientific Computing. (Lulu, 2015). #. Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, 2nd Edition. (Wiley, 2004). #. Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry, 3rd Edition. (Wiley, 2017). #. Doleželová, M., Muehlfeld, M., Svistunov, M., Wadeley, S., Čapek, T., Hradílek, J., Silas, D., Heves, J., Kovář, P., Ondrejka, P., Bokoč, P., Prpič, M., Slobodová, E., Kopalová, E., Svoboda, M., O'Brien, D., Hideo, M., Domingo, D. & Ha, J. System administrator's guide. (Red Hat, 2018). #. Originalni priručnici proizvođača i vodiči za operacijske sustave i programske pakete koji se koriste na vježbama. Opis predmeta (sažetak i ciljevi kolegija): ------------------------------------------- Kolegij je namijenjen pripremi studenata biotehnologije za obrade podataka iz tog područja. Kao takav, sadržaj kolegija je usmjeren na: * utvrđivanje, ujednačavanje i nadograđivanje temeljnih informatičkih znanja koje su studenti stekli tijekom srednjoškolskog obrazovanja bez obzira na vrstu obrazovnog profila s ciljem ujednačavanja informatičkog znanja * usvajanje znanja o temeljnim pojmovima suvremene informacijske tehnologije: principima rada računalnog sustava (sklopovske i programske podrške), računalnih mreža i baza podataka, superračunala i paralelne obrade podataka te licenciranja * upoznavanje sa naprednim računalnim sustavima za računalnu kemiju, molekularno modeliranje i bioinformatiku koji se koriste u biotehnologiji Ishodi učenja: -------------- Po završetku kolegija studenti će moći: #. Razlikovati i objasniti temeljne pojmove informacijske i računalne tehnologije #. Definirati i razlikovati elemente umreženog računalnog sustava (računalna sklopovska i programska oprema) #. Objasniti način rada paralelne obrade podataka na superračunalu #. Kategorizirati često korištene licence programske opreme i skupova podataka #. Pretražiti baze podataka koje se koriste u računalnoj kemiji, molekularnom modeliranju i bioinformatici #. Primijeniti osnovne funkcije operacijskog sustava #. Razlikovati numeričko i simboličko računanje te odabrati prikladno za dani problem Detaljni sadržaj kolegija (teme/naslovi predavanja, seminara i vježbi): ----------------------------------------------------------------------- .. _izvedbeni-2020-2021-inf-biotech-predavanja: Predavanja: ^^^^^^^^^^^ | P1. (2 h) Povijesni razvoj računala. Sklopovska i programska oprema | P2. (2 h) Povijesni razvoj interneta i operacijskih sustava. Znanstvena programska oprema | P3. (2 h) Superračunala. Trendovi i smjerovi razvoja informacijske i komunikacijske tehnologije | P4. (2 h) Intelektualno vlasništvo nad programskom opremom i podacima. Licenciranje | P5. (2 h) Računalna kemija, molekularno modeliranje i bioinformatika .. _izvedbeni-2020-2021-inf-biotech-vjezbe: Vježbe: ^^^^^^^ | V1. (4 h) Baze podataka i postojeća programska podrška u računalnoj kemiji, molekularnom modeliranju i bioinformatici (`KEGG `__, `ChEMBL `__, `RCSB PDB `__, `UniProt `__, `GPCRdb `__, `Avogadro `__, `Open Babel `__, `PyMOL `__, `UGENE `__) | V2. (4 h) Obrada dokumenata koji sadrže kemijske molekularne formule i jednadžbe (`Visual Studio Code `__, `HackMD `__, `Markdown `__, `Marp `__, `MathJax `__, `mhchem `__, `chemfig `__). Osnove programiranja (`Python `__, `Anaconda `__, `Python extension for Visual Studio Code `__). Simboličko računanje (`SymPy `__). Numeričko računanje (`NumPy `__) | V3. (4 h) Crtanje strukturnih formula i računanje osnovnih svojstava molekula (`RDKit `__) | V4. (4 h) Crtanje grafova (`Matplotlib `__). Obrada strukturiranih podataka (`pandas `__) | V5. (4 h) Rad s osnovnim funkcijama i postavljanje operacijskog sustava (`Ubuntu `__, `Debian `__, `FreeBSD `__) Obveze, način praćenja i vrednovanje studenata: ----------------------------------------------- Pohađanje nastave: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Pohađanje nastave je obavezno i nastavnici vode evidenciju pohađanja za svakoga studenta. Predavanja se izvode u bloku od 2 sata prema rasporedu. Vježbe se izvode na računalima u bloku od 4 sata prema rasporedu. Na vježbama studenti trebaju usvojiti korištenje računarskih sustava koja se koriste u biotehnologiji. Osim prisustvovanja online nastavi na predavanjima i vježbama studenti su dužni koristiti **e-sustav za učenje Merlin** (https://moodle.srce.hr/2020-2021/). Aktivnost u nastavi: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Odgovaranje na pitanja tematski vezana uz sadržaje održanih predavanja koja će biti postavljena na forumu na Merlinu neposredno nakon održavanja istih nosi do maksimalno 10 ocjenskih bodova. Seminarski rad: ^^^^^^^^^^^^^^^ Seminarski rad podrazumijeva izradu prezentacije samostalno ili u paru u Markdownu (korištenjem Marpa) na odabranu temu iz područja studija o kojoj će se sadržaji prikupiti pretraživanjem weba i izraditi korištenjem programskih alata za računalnu kemiju, molekularno modeliranje i bioinformatiku obrađenih na vježbama. Bodovat će se kvaliteta, sadržaj i aktualnost obrađene teme. Ova aktivnost nosi do maksimalno 20 ocjenskih bodova. Pisana provjera znanja: ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Pisana provjera znanja uključuje praktične zadatke s vježbi i nosi do maksimalno 40 ocjenskih bodova. Završni ispit: ^^^^^^^^^^^^^^ Završni ispit polaže se usmenim putem i uključuje prezentaciju seminarskog rada, teorijska pitanja s predavanja i praktične zadatke s vježbi. Ispit nosi udio od maksimalno 30 ocjenskih bodova, a smatra se položenim samo ako na njemu student postigne minimalno 50%-ni uspjeh (ispitni prag je 50% točno odgovorenih pitanja i uspješno riješenih zadataka). Na prethodno opisani način (pohađanje nastave, seminarski rad, pisana provjera znanja, završni ispit) studenti mogu skupiti 100 ocjenskih bodova. Ispitni rokovi: --------------- | 1. ispitni rok održat će se 3. 7. 2021. online s početkom u 10:00. | 2. ispitni rok održat će se 6. 7. 2021. online s početkom u 10:00. | 3. ispitni rok održat će se u rujnu prema dogovoru sa studentima. | 4. ispitni rok održat će se u rujnu prema dogovoru sa studentima. Formiranje ocjene (prema Pravilniku o studijima Sveučilišta u Rijeci): ---------------------------------------------------------------------- Studenti tijekom kontinuirane nastave mogu steći maksimalno 70% ocjenskih bodova, a na završnom ispitu 30%. Studenti koji su tijekom kontinuiranog dijela nastave ostvarili: * od 0 do 34,9% ocjenskih bodova ne mogu pristupiti završnom ispitu * više od 35% ocjenskih bodova mogu pristupiti završnom ispitu. Prema postignutom ukupnom broju ocjenskih bodova dodjeljuju se sljedeće konačne ocjene: ==================================== =========== =============== Postotak usvojenog znanja i vještina ECTS ocjena Brojčana ocjena ==================================== =========== =============== 90% do 100% A Izvrstan (5) 75% do 89,9% B Vrlo dobar (4) 60% do 74,9% C Dobar (3) 50% do 59,9% D Dovoljan (2) 0% do 49,9% F Nedovoljan (1) ==================================== =========== =============== Konačna ocjena je zbroj bodova ostvarenih tijekom nastave i bodova ostvarenih na završnom ispitu, a prolazne ocjene su izvrstan (5), vrlo dobar (4), dobar (3) i dovoljan (2). Raspored nastave: ----------------- .. csv-table:: :header: Datum, Grupa, Vrijeme, Broj sati nastave, Mjesto, Oblik nastave, Izvođač 21\ . 6. 2021., svi, 10:00--11:30, 2, BigBlueButton, :ref:`P1 `, |vm| 21\ . 6. 2021., svi, 12:00--13:30, 2, BigBlueButton, :ref:`P2 `, |vm| 23\ . 6. 2021., svi, 10:00--11:30, 2, BigBlueButton, :ref:`P3 `, |vm| 23\ . 6. 2021., svi, 12:00--13:30, 2, BigBlueButton, :ref:`P4 `, |vm| 24\ . 6. 2021., svi, 10:00--11:30, 2, BigBlueButton, :ref:`P5 `, |vm| 25\ . 6. 2021., 1, 8:30--12:00, 4, O-365, :ref:`V1 `, |vm| 25\ . 6. 2021., 2, 13:30--17:00, 4, O-365, :ref:`V1 `, |vm| 28\ . 6. 2021., 1, 8:30--12:00, 4, O-365, :ref:`V2 `, |vm| 28\ . 6. 2021., 2, 13:30--17:00, 4, O-365, :ref:`V2 `, |vm| 29\ . 6. 2021., 1, 8:30--12:00, 4, O-365, :ref:`V3 `, |vm| 29\ . 6. 2021., 2, 13:30--17:00, 4, O-365, :ref:`V3 `, |vm| 30\ . 6. 2021., 1, 8:30--12:00, 4, O-365, :ref:`V4 `, |vm| 30\ . 6. 2021., 2, 13:30--17:00, 4, O-365, :ref:`V4 `, |vm| 1\ . 7. 2021., 1, 8:30--12:00, 4, O-365, :ref:`V5 `, |vm| 1\ . 7. 2021., 2, 13:30--17:00, 4, O-365, :ref:`V5 `, |vm| 2\ . 7. 2021., svi, 10:00--14:00, 2 test, O-365, Pisana provjera znanja, |vm| 3\ . 7. 2021., svi, 10:00--18:00, 2 test, BigBlueButton, Završni ispit 1. rok, |vm| Dodatne informacije: -------------------- Izvođač nastave zadržava pravo izmjene rasporeda. Studenti će o eventualnim promjenama biti obaviješteni putem e-sustava za učenje. Mole se svi studenti da se odazovu vrednovanju kvalitete nastavnog rada nastavnika i suradnika kako bi se na temelju procjena i sugestija mogla unaprijediti nastava na ovom kolegiju. Vrednovanje nastave putem ISVU sustava provodi se aplikacijom `Studomat `__ na obrascu definiranom na razini Sveučilišta u Rijeci, a rezultati su anonimni. Više informacija o svim aspektima ovog procesa možete pronaći u *Priručniku za kvalitetu studiranja Sveučilišta u Rijeci*. Akademska čestitost: -------------------- Studenti su dužni poštovati načela akademske čestitosti te se upućuju na dokumente Sveučilišta u Rijeci: *Etički kodeks Sveučilišta u Rijeci* te *Etički kodeks za studente*.